Jaskinia Nietoperzowa znajduje się w atrakcyjnej, południowej części Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej, nieopodal Doliny Będkowskiej. Położona jest również zaledwie 3,45 km od Bramy Krakowskiej znajdującej się w Ojcowskim Parku Narodowym a także nieopodal stolicy małopolski – Krakowa.
Jura Krakowsko-Częstochowska to niezwykły region polski odznaczający się zróżnicowanym, jurajskim krajobrazem. Możemy tu podziwiać zarówno:
- urokliwe dolinki, ostańce skalne, jaskinie,
- przyrodę,
- liczne zabytki architektoniczne.